Franciscanen zijn al minstens sinds 1343 in Ilok. Hertog Ugrin maakte toen een begin met de bouw van het Franciscaner klooster en de kerk van St. Philip en Jakob, die tot 1349 zou duren. Tijdens de bouw werd de kerk opgedragen aan Maria Tenhemelopneming. Sinds 1700 is de kerk opgedragen aan de heilige Johannes van Capestrano die hier begraven ligt en in 1690 heilig verklaard werd. Na de begrafenis van Johannes in 1456 in de kerk werd deze al snel te klein en daarom liet Nikola van Ilok de kerk in 1468 uitbreiden tot haar huidige vorm. Na 1688 komen katholieken uit Bosnië en Franciscanen uit Olova die de kerk en het klooster renoveren. Toen kreeg de kerk ook enkele Barokke versieringen. Van 1906 – 1912 heeft de laatste grote renovatie plaatsgevonden volgens ontwerp van de architect Herman Bolle, in Neo-gotische stijl. In 1913 is de huidige, vierde toren gebouwd. Het schilderij op het altaar toont Johannes van Capestrano bij het fort van Belgrado en is gemaakt door de Weense schilder Josef Kessler in 1862. Bij de kerk staat ook een kapel-kamer waarin volgens de overlevering Johannes van Capestrano is overleden. Het schilderij “De zegening van St. Johannes van Capestrano” is in 1908 gemaakt door Mirko Racki. Het Franciscaner klooster is gedeeltelijk uit de middeleeuwen (westelijke vleugel), en vóór 1727 zijn de noordelijke en oostelijke vleugels gebouwd waarmee het zijn huidige aanblik kreeg.
