Franjevci su na vukovarskom području tijekom mnogih stoljeća imali vrlo važnu ulogu i ostavili su neizbrisiv trag ne samo u vjerskom odgoju već i u prosvjeti i kulturnom razvoju ovoga kraja. Franjevci borave na ovim prostorima već u srednjovjekovnom razdoblju, kada je u Vukovskoj županiji bilo sedam franjevačkih samostana.

Posebno je važan bio rad franjevaca u vrijeme turske vlasti, jer su cijelo vrijeme ostali sa svojim vjernicima. Neposredno nakon rata za oslobođenje od Turaka franjevci se vraćaju u nekadašnje postojbine i osnivaju svoje rezidencije te vrlo vrijedno djeluju sve do danas.

Pečujski biskup Nesselrod dao je 1723. godine dopuštenje franjevcima da se u Vukovaru može podići crkva i samostan. Tada započinje i izgradnja monumentalnog franjevačkog kompleksa, najstarije i najmarkantnije građevine baroknog Vukovara. U bitnim dijelovima cjelina ovog sklopa dovršena je tijekom 13 godina gradnje, no zbog kasnijih dograđivanja samostanskih katova radovi su se protegli tijekom cijelog 18. stoljeća. Oko 1760. Ambrozije Janković radi uljene slike na crkvenom oltaru. Svoj konačni oblik vukovarski je franjevački samostan sa crkvom sv. Filipa i Jakova dobio nakon historicističke obnove i proširenja crkve od 1896. do 1897. godine, izvedene prema projektu arhitekta R. Jordana. Tada je prvotna jednobrodna barokna crkva produljena i proširena dvama bočnim brodovima – kapelama.

Franjevački samostan u Vukovaru bio je rasadište vjere, obrazovanja i kulture. Franjevci su bili neposredni nositelji pučkog školstva za katoličku mladež. Uprava Franjevačke provincije već je 1733. godine u vukovarskom samostanu otvorila provincijski studij filozofije koji je djelovao pedeset godina. Jedan od poznatih lektora na Franjevačkom filozofskom učilištu bio je i Vukovarac fra Josip Janković. Zahvaljujući svom utjecaju u Rimu dobio je od pape Benedikta XIV. tijelo sv. Bone Mučenika, koje je prenijeto u Vukovar i sahranjeno u franjevačkoj crkvi sv. Filipa i Jakova. Od 1804.-1900. godine, s većim i manjim prekidima, u samostanu djeluje fakultet teologije.

Vrijedni su franjevci skupljali kroz stoljeća razno umjetničko blago: slike, kipove, arhivalije, knjige i liturgijsko posuđe. Bogata i vrlo vrijedna samostanska knjižnica, po svom fondu jedna od najvrednijih starih knjižnica u Hrvatskoj, posjedovala je 17.000 svezaka, a u samostanskoj se riznici nalazilo bogato srebrno i pozlaćeno liturgijsko posuđe umjetničke izrade od 16.st. pa sve do 20.st. Umjetničke slike baroknih i novijih majstora resile su oltare, zidove crkve i samostanske prostorije.

Do razaranja tijekom Domovinskog rata, kada je crkva srušena i franjevci prognani, franjevački samostan s crkvom sv. Filipa i Jakova bio je najstariji očuvani barokni spomenik i uopće najstarija vukovarska građevina. Kompleks je danas obnovljen i registriran kao spomenik kulture A kategorije. Obnova je izvedena donacijom Zagrebačke županije.

Crkva sv. Filipa i Jakova župna je crkva u sklopu franjevačkog samostana u Vukovaru. S duljinom od 58 metara, treća je najdulja crkva u Hrvatskoj, nakon zagrebačke i đakovačke katedrale. Nakon teškog stradanja u srpskoj agresiji i okupaciji temeljito je obnovljena, iako su neke rane ostavljene kao podsjetnik na ratno stradanje.